Cortana fue creada usando una copia flash del cerebro de la Dra. Halsey. Veinte cerebros flash fueron creados, pero sólo sobrevivió uno, que se utilizó para crear a Cortana. Las vías neuronales del cerebro clonado fueron escaneadas y copiadas a través de un proceso llamado impresión de modelado cognitivo. Sus primeras palabras fueron: "Cuando se acaba el juego, el rey y el peón han de entrar en la misma caja" en italiano. Ella es uno de al menos dos inhibidores de la aromatasa que se crearon a partir del cerebro de la Dra. Halsey, el otro, su predecesor, fue Kalmiya, otra IA inteligente.
Cortana parece compartir los recuerdos de su creador, pensamientos, opiniones, e incluso los valores. Cuando se le preguntó a la Dra. Halsey para escoger a un "portador", Cortana eligió a John-117 por su compatibilidad neural. Ella no sólo es una replica de la mente de la Dra. Halsey, sino también una réplica de su forma física, aunque más joven.
Cortana conoció a John-117 antes de la Caída de Reach, cuando se integró en su nueva armadura MJOLNIR Mark V. Cortana y el Jefe pasaron una prueba que fue a causa del Coronel James Ackerson. La prueba incluía ODST armados, las minas anti-tanques, torretas automáticas en el campo e incluso un Skyhawk en un ataque aéreo. Después de la prueba, Cortana se instaló en el UNSC Pillar of Autumnpara ejecutar el shakedown de la nave y supervisar la remodelación. Luego estaba previsto que iba a ser sustituida por la verdadera IA del UNSC Pillar of Autumn, pero se vio obligada a asumir esta obligación en última instancia. En la nave, ella tomó su venganza contra el Coronel Ackerson, por la piratería en su sistema y lo chantajeó a él, esperando que lo enviaran de vuelta a las líneas del frente. También desarrolló una profunda lealtad personal a John-117, que sólo sería fortalecido en sus aventuras juntos.
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